Hola Pegasus
RosarioSIS es un software libre. Es decir que puede modificarlo para su uso personal libremente.
Si quiere contribuir al proyecto de manera formal, y piensa que sus modificaciones pueden beneficiar a la comunidad, le recomendamos leer primero http://rosariosis.org/es/contribute
Finalmente, le podemos también ayudar a personalizar RosarioSIS (en este caso, quitar los enlaces "Becar" y "Reembolsar"), para eso, contáctenos por favor directamente en http://rosariosis.org/es/services/
La ventaja de no editar los archivos directamente (y de crear un modulo personalizado) es que podrá actualizar RosarioSIS normalmente.
En el caso contrario, debería reportar sus modificaciones cada vez que se actualizan los archivos en cuestión.